儘管環境部將ETS制度放入政策規劃方向，但不少環境團體及學者持保留態度。
林雨璇借鏡韓國狀況指出，韓國雖有ETS制度，但由於免費配額過多、排放上限過於寬鬆，導致實質減碳效果不足；且來自鋼鐵等產業的遊說力道過強，讓免費排放配額廣泛存在，也進一步削弱碳交易機制效果，同時不利綠色產業發展。她說，若要讓ETS機制發揮效果，需確保一定市場規模，增加交易流動性，但考量市場交易容易讓價格有較大波動，穩定的碳稅制度或許是更適合的途逕。
中央研究院經濟研究所兼任研究員蕭代基也認為，氣候法在制度設計上獨厚既存排放源、對新設排放源不利，進而抑制產業轉型更新潛力；此外，目前碳費制度未針對運輸部門、住商及中小企業等電力消費部門課徵，導致仍有近半排碳源未納入碳費制度中。
至於ETS制度，蕭代基指出，無論是排放額度交易、或是減量額度交易，業者申報資料都可能造假，增加行政部門查核成本，且減量額度交易也不符合外部成本內部化的原則。短期應先執行碳稅或碳費，長期則可採用ETS搭配碳稅，並設定交易價格上下限，
「我支持短期以碳費為核心，但如果2027年要加入ETS，可能會讓政策訊號變得混亂，」台大社會系教授劉仲恩表示，台灣排放源高度集中大型企業，不利ETS運作所需的市場流動性。他說，ETS所需的拍賣、登錄與交易系統將耗費大量行政成本，企業可能也需要更多時間熟悉相關機制，考量碳費政策上路不到五年，不應直接加入交易機制。
台灣的氣候法制可以如何深化？
台灣氣候行動網絡總監趙家緯建議，政府可借鏡歐盟的運具電動化政策，利用《氣候法》中效能標準的相關規範，以超過標準值就要收費的原則，引導台灣汽機車轉型。
學者認為，在碳定價制度之外，現行的《氣候變遷因應法》及整體減碳工作，也有可再更臻完善之處。
趙家緯指出，目前政府雖然訂出2030年電動機車佔比35%、電動車佔比30%的計畫，卻沒有具體政策引導，現行的能效標準也太低，讓業者沒有拓展市場的誘因。他建議環境部應結合現行《氣候法》中效能標準設定及碳足跡及盤查工具等手段，提供具體的運具電動化政策訊號，以推動相關進程。
環境部前政務次長施文真則認為，《氣候法》立法時未訂定罰責，因此無法具體訂定效能標準，但未來環境部應可加強和經濟部合作，推動公共工程低碳採購標準，透過公共工程帶動產業轉型。
《氣候法》要能進一步帶動社會轉型
「《氣候法》介定政策目標、提供分工框架，但政策目標應該是轉型、而不只是減少碳排放。目前各部門執行的時候，都忽略了轉型的意義。」台大法律學院副教授林春元直言，台灣氣候政策目前看來更著重台灣企業在全球淨零趨勢下的競爭力，若要實質減碳及調適、達成實質且長期的轉型目標，除了建立法制外，應設計獨立委員會、避免民主制度下政權輪替造成政策變動，並設計處理轉型衝突與障礙的法律機制，以及納入中央及地方的治理協作，才可能走得長久。
林春元也提醒，氣候變遷下調適工作也是重要一環，但台灣目前仍缺乏最初始的衝擊影響評估，社會在發生像馬太鞍堰塞湖這樣的重大事件後，也多著重咎責，而未深究後續如何提升災防與水土管制工作，未來應持續透過公正轉型機制與社會溝通，了解氣候變遷帶來的實際衝擊，並建立相應的調適政策。
環境權保障基金會專職律師黃馨雯指出，台灣目前的NDC目標並不符合IPCC所建議的溫室氣體減量路徑，也未考量碳預算。她說，台灣的《氣候法》並未納入公民訴訟條款，民間無法針對政府的不當氣候目標提出救濟措施。
黃馨雯表示，儘管台灣溫室氣體排放量僅佔全球的0.5%、遠低於主要開發國家，但「不能指責別人的排放來免除自己的義務。」她說，台灣雖訂出減碳目標，但另方面半導體與AI產業的用電量仍逐年倍增，「我們需要無止盡的再生能源，核電要重啟，天然氣一直蓋，燃煤也不能除役，台灣真的有辦法承受這樣高強度的開發嗎？我們如何緩解這些開發對在地的衝突？」
關於減量路徑及碳預算，環境部氣候署組長溫育勇回應，台灣的NDC 3.0具體規劃格式已遵循IPCC建議，同時參考COP28的全球盤點結果，訂出2035年36-40%的減量目標。另外細部規劃則使用本土低排放分析平台LEAP，輸入減量對策及社會經濟參數，推算排放量、減碳量及目標，並參考國際能源總署及IPCC的數值逐年更新，建立由上而下的減碳目標。
2026年預估碳費收入45億元會怎麼用？
氣候變遷署綜整各項減量計畫後估計，2026年碳費將為溫室氣體管理基金帶來45億元收入。其中，11.6億元用於推動氣候變遷署的業務費用，18億元用於獎勵溫室氣體減量技術投資、及地方政府推動溫室氣體減量工作，加上其他利息及部會工作補貼，總支出金額為40億元，剩餘金額的具體用途，將在5月收款後再討論。
事實上，碳費收入也有機會成為促進淨零轉型的工具。環境權保障基金會研究員湯琳翔指出，《氣候法》通過時，許多人擔心徵收碳費會造成綠色通膨，可以想見未來若碳價進一步提高至每公噸1,200元以上、會有更大反彈，應從現階段開始利用碳費收入提升社會對轉型的支持。
湯琳翔舉例，碳費收入可用於協助較難減排的重工業轉型，如補助低碳公共採購的綠色溢價、優先投入高難度減碳基礎建設等；或是比照國科會的公民團體創新示範與沙盒試驗計畫，鼓勵公民社會參與淨零轉型。他說，政府也可嘗試推動有減碳效果的實驗性創新政策，如節能家電補助、維修券，或是比照「文化幣」的「淨零幣」等，結合食衣住行的折扣，讓人民更有感。
蕭代基進一步建議，碳稅和碳費都會造成所得分配惡化，必須透過其他手段將稅收還給低收入階段。另一方面，考量2050年後台灣不止要淨零、甚至需要負排放，政府應現在就開始考慮碳移除工作所需的費用，將相關收入用於未來所需。
《氣候變遷因應法》為台灣氣候治理樹立了里程碑，然而制度到位不等於轉型成功，下一階段如何藉由法規、政策工具及碳費收入，實質帶動台灣社會朝向淨零社會邁進、同時因應氣候變遷帶來的影響，將是政府及民間新的努力方向。
